Eletroforese na qual a direção do campo elétrico é alterada periodicamente. Esta técnica é similar a outros métodos eletroforéticos normalmente utilizados para separar a dupla fita das moléculas de DNA variando no tamanho acima de dezenas de milhares de pares de bases. Contudo, pela alternância da direção do campo elétrico é capaz de separar moléculas de DNA de um comprimento de muitos milhões de pares de bases.